La culture des champignons se déroule en trois phases de base, quelle que soit l'espèce de champignon : germination ou isolement, expansion et fructification finale. La première étape consiste à isoler une culture de champignons des spores ou du tissu d'un champignon vivant. Les spores germées sur de la gélose nutritive dans les plats de Petri résultent (après accouplement) d'une diversité de souches dans la même culture, tandis que la culture tissulaire donne lieu à une action génétique du champignon parent. Dans les deux cas, la croissance donne naissance à un mycélium.
L'utilisation d'un milieu gélosé semi-solide permet au cultivateur d'examiner facilement la culture en fonction des caractéristiques souhaitées et d'identifier la contamination par Y, s'il y en a. Le mycélium peut être propagé sur gélose plus ou moins indéfiniment et peut être stocké à ce stade à des températures froides pour une récupération ultérieure. Une fois qu'une culture propre appropriée a été isolée, le mycélium est transféré dans un milieu secondaire, généralement stérilisé dans des pots de mason de taille pinte. Le but de cette étape est d'étendre le volume du mycélium (la masse mycélienne) à une quantité qui soutiendra la quantité désirée de fruits dans la phase finale. Une petite quantité de mycélium sur un coin de gélose est retirée d'une plaque et placée sur le grain. Le mycélium pousse de la gélose au grain. Les jarres de céréales sont secouées tous les jours pour faciliter la colonisation. Lorsque le grain est entièrement colonisé, il est ensuite utilisé pour inoculer de plus gros contenants de grain (habituellement dans des sacs en plastique stérilisables, bien que de plus grands pots de mason fonctionnent aussi), pour augmenter encore la masse mycélienne.
Une fois qu'une quantité appropriée de mycélium a été générée, elle est utilisée pour inoculer un substrat final, connu sous le nom de substrat fruitier. Les constituants exacts du substrat fruitier dépendent de l'espèce en question. Certaines espèces vont se former à partir de divers substrats, tandis que d'autres sont beaucoup plus particulières. Certaines espèces vont se former à partir de paille de blé, de fumier de vache, ou même à partir de grain, tandis que d'autres espèces amoureuses du bois ne se formeront que sur un lit de copeaux de bois dur.
Une fois qu'un milieu approprié a été préparé (la stérilisation est habituellement inutile à ce stade, bien que parfois le substrat soit pasteurisé), la colonisation à lieu. Les conditions de germination de la colonisation sont spécifiques à l'espèce, mais elles comprennent généralement le revêtement du substrat avec une couche de matériau non nutritif et de rétention d'humidité, comme la mousse de tourbe, l'humidité, l'échange d'air et les niveaux de lumière, afin de créer des conditions favorables à la formation de champignons. Finalement, si tout se déroule bien, les champignons se forment, d'abord apparaissant comme des primordiums, puis s'agrandissant jusqu'à la pleine taille en quelques jours, au moment où ils commencent à relâcher leurs spores, et le cycle de culture est terminé.